"Tozalash" atamasi xitoy tilida uzoq tarixga ega bo'lib, dastlab "toza va sof qilish" degan ma'noni anglatadi va keng ma'noda iflosliklarni olib tashlash va ifloslanishni yo'q qilish uchun barcha jarayonlar va texnologiyalarga ishora qilishi mumkin. Tegishli inglizcha atamalarga "tozalash" (tozalikni ta'kidlaydigan) va "toza" (tozalikni ta'kidlaydigan) kiradi. Shuning uchun, toza xona muhandisligi uchun inglizcha ibora boshqalar qatorida "Purification Engineering", "Clean Engineering" yoki "Cleanroom Technology" ni o'z ichiga oladi. Ushbu keng ma'no toza xona muhandisligi turli fanlarda o'ziga xos ma'noga ega ekanligini aniqlaydi.
Zamonaviy toza xona muhandisligi, o'zining asosiy qismi toza xona texnologiyasi bilan 1950-yillarda paydo bo'lgan. Koreya urushi davrida AQSH armiyasi changning kirib kelishi sababli koʻplab elektron asboblar tez-tez ishlamay qolayotganini aniqladi, bu esa havoni tozalash texnologiyasini, ayniqsa yuqori samarali zarrachalar (HEPA) filtrlarini tadqiq qilish va qoʻllashni ragʻbatlantirdi. 1961 yilda Sandia National Laboratories xodimi Uillis Uitfild toza xonalarni misli ko'rilmagan darajada tozalikka erishishga imkon beruvchi "laminar oqim" (hozir rasman "bir yo'nalishli oqim" deb ataladi) toza havo oqimini tashkil qilish sxemasini taklif qildi. Xuddi shu yili AQSh Havo kuchlari dunyodagi birinchi toza xona standartini chiqardi va 1963 yilda AQShning FED{11}}STD-209 federal standarti toza xona texnologiyasi tizimining dastlabki shakllanishini belgilab berdi. Keyinchalik, integral mikrosxemalar va biomeditsina kabi sohalarning jadal rivojlanishi bilan toza xona muhandislik texnologiyasi doimiy ravishda yangilanib, rivojlanib bordi.
Xitoyda "Toza xonani loyihalash kodeksi" (GBJ 73-84) 1984 yilda va "Toza xonani qurish va qabul qilish kodeksi" (JGJ 71-90) 1990 yilda e'lon qilingan. Bir necha qayta ko'rib chiqilgandan so'ng, asosiy dizayn xonasida GB 50073-2013 standartidagi milliy standart tizim yaratildi. Xalqaro miqyosda ISO/TC209 texnik qo'mitasi tomonidan tuzilgan ISO 14644 seriyali standartlar toza xonalar va tegishli boshqariladigan muhitlar uchun umumiy ko'rsatmalardir. mening mamlakatim ushbu standartlarni qabul qildi va ularni GB/T 25915 seriyali sifatida joriy qildi.